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目的 对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法 提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果 通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度最高(>98%).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论 本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异.

作者:潘阳;崔淑娟;陈丽娟;吕燕宁;卢桂兰;孙玉兰;李洁;窦相峰;李锡太;黎新宇;王全意

来源:国际病毒学杂志 2017 年 24卷 1期

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作者:
潘阳;崔淑娟;陈丽娟;吕燕宁;卢桂兰;孙玉兰;李洁;窦相峰;李锡太;黎新宇;王全意
来源:
国际病毒学杂志 2017 年 24卷 1期
标签:
裂谷热病毒 全基因组测定 二代测序 基因变异 进化分析 Rift valley fever virus Whole genome sequencing Next-generation sequencing Genetic variation Phylogenetic analysis
目的 对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法 提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果 通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度最高(>98%).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论 本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异.