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目的:描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法:对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果:共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上, gag、pol和 nef-3'- LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19 - 1539±16,2531 - 4478±16(片段Ⅴ),9008±23 - 9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分

作者:代漫;李佳;吕诗韵;黄辉煌;刘安;孙丽君;韩梅;李洁;卢红艳;黄春;辛若雷

来源:国际病毒学杂志 2022 年 29卷 3期

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作者:
代漫;李佳;吕诗韵;黄辉煌;刘安;孙丽君;韩梅;李洁;卢红艳;黄春;辛若雷
来源:
国际病毒学杂志 2022 年 29卷 3期
标签:
CRF103_01B 近全长基因组 男男性行为 流行重组型 CRF103_01B Near full-length genome Men who have sex with Men Circulating recombinant forms
目的:描述一株新鉴定的流行重组型HIV-1 CRF103_01B在北京的检出情况,并分析其近全长基因组(near full-length genome,NFLG)遗传特征。方法:对2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例进行HIV-1基因型耐药监测,发现5例疑似感染CRF103_01B毒株。通过逆转录、近末端稀释法,分两段巢式PCR扩增HIV-1 NFLG。获得的序列与分型参考序列进行基因比对,使用MEGA11软件构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统进化树。用SimPlot 3.5软件分析确定基因重组断点,绘制基因组结构图。基于亲本毒株同源NFLG序列比对,挑选较长的重组片段构建NJ进化树,判断可能的亲本毒株来源。用斯坦福大学HIV耐药数据库解析基因型耐药特征。结果:共获得5条CRF103_01B NFLG序列,其中4例经男男性行为(men who have sex with men,MSM)感染,1例为女性。与从河北检出的4条CRF103_01B NFLG序列合并分析其重组特征:在CRF01_AE骨架上, gag、pol和 nef-3'- LTR基因片段被B亚型重组替换[HXB2 nt 1111±19 - 1539±16,2531 - 4478±16(片段Ⅴ),9008±23 - 9615]。亲本来源分析显示,CRF103_01B的片段Ⅳ与Ⅴ分别与北京B亚型(BJMP3294B)和g5簇CRF01_AE序列(JX112804)聚集成大单系进化簇(bootstrap值分