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目的:筛选在肺腺癌(LUAD)中起关键作用的肿瘤干细胞相关基因(SRGs),并研究作用机制,和对患者预后的影响。方法:从GEO数据库和TCGA数据库下载肺腺癌数据集的基因表达谱。使用R软件分析差异表达基因(DGEs),并和SRGs交叉分析,确定影响肺腺癌发生和预后的关键SRGs。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建方法对关键SRGs分析,利用GO和GSEA进行富集分析。使用TIMER数据库分析SRGs对肿瘤免疫浸润的影响。此外,分析SRGs与生存预后的关系。结果:在数据集GSE68465中得到740个差异基因,在数据集GSE31210中得到364个差异基因,在数据集GSE115002中得到859个差异基因,在TCGA数据集中得到4 464个差异基因,4个数据集与肿瘤干性基因集取交集得到干性基因CDCA8。采用GO和GSEA分析CDCA8主要参与有丝分裂过程,PPI分析得到核心基因,TIMER分析CDCA8与多种免疫细胞表达水平相关,高表达CDCA8肺腺癌患者预后较差。结论:CDCA8作为SRGs参与肺腺癌发生发展过程,与肺腺癌免疫浸润相关,是肺腺癌患者生存与预后评价指标之一,并可为免疫治疗发展提供新的思路。

作者:徐雷棣;车映刚;常宁;张勇;周英;邱丹;张艰

来源:国际呼吸杂志 2021 年 41卷 23期

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作者:
徐雷棣;车映刚;常宁;张勇;周英;邱丹;张艰
来源:
国际呼吸杂志 2021 年 41卷 23期
标签:
肺肿瘤 腺癌 生物信息学 免疫细胞浸润 预后 Lung neoplasms Adenocarcinoma Bioinformatics Immune cell infiltration Prognosis
目的:筛选在肺腺癌(LUAD)中起关键作用的肿瘤干细胞相关基因(SRGs),并研究作用机制,和对患者预后的影响。方法:从GEO数据库和TCGA数据库下载肺腺癌数据集的基因表达谱。使用R软件分析差异表达基因(DGEs),并和SRGs交叉分析,确定影响肺腺癌发生和预后的关键SRGs。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建方法对关键SRGs分析,利用GO和GSEA进行富集分析。使用TIMER数据库分析SRGs对肿瘤免疫浸润的影响。此外,分析SRGs与生存预后的关系。结果:在数据集GSE68465中得到740个差异基因,在数据集GSE31210中得到364个差异基因,在数据集GSE115002中得到859个差异基因,在TCGA数据集中得到4 464个差异基因,4个数据集与肿瘤干性基因集取交集得到干性基因CDCA8。采用GO和GSEA分析CDCA8主要参与有丝分裂过程,PPI分析得到核心基因,TIMER分析CDCA8与多种免疫细胞表达水平相关,高表达CDCA8肺腺癌患者预后较差。结论:CDCA8作为SRGs参与肺腺癌发生发展过程,与肺腺癌免疫浸润相关,是肺腺癌患者生存与预后评价指标之一,并可为免疫治疗发展提供新的思路。