目的:对心肌肥厚模型——内皮素1(endothelin 1,ET1)刺激人诱导的多能干细胞源性心肌细胞(human induced pluripotent stem cell derived cardiomyocytes,hiPSC-CMs)的基因芯片数据进行生物信息学分析,探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱及竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络.方法:在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中筛选心肌肥厚相关基因芯片,对下载的原始探针矩阵信息和平台注释文件进行预处理,获取基因表达矩阵信息,利用实用报表提取语言(practical extraction and report language,Perl)赋予基因不同的生物型属性,从而区分出lncRNA与mRNA.利用R语言limma包分别分析lncRNAs和mRNAs的基因表达差异.使用在线下载的数据库预测与每个lncRNA关联的microRNA(miRNA).在此基础上,利用基于TargetScan,miRDB和miRTarBase的预测软件对miRNA的靶基因(mRNA)进行预测.以Cytoscape3.7.1软件构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.针对ceRNA调控网络中的靶基因,运用在线数据库DAVID6.8进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析,并通过在线工具KOBAS3.0进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.结果:与对照组相比,ET1

作者：尤红俊；赵倩倩；常凤军；韩稳琦；程功；寿锡凌；刘富强；刁佳宇

来源：临床与病理杂志 2020 年 40卷 11期