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目的:研究UDP-葡萄糖醛酸糖基转移酶(UGT)家族成员UGT2A3的差异表达在结直肠癌(CRC)发生中的作用及调控机制。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图集(TCGA)中共下载了9个CRC数据集。采用R语言分析UGT2A3在CRC组织和癌旁正常组织中的差异表达情况。在TCGA中根据UGT2A3的表达水平,在所有样本、正常组织、癌组织样本中分别选取表达最高和最低的前20例样本,比较免疫细胞丰度和免疫富集评分;筛选差异表达基因和差异表达miRNA,并进行差异表达基因的通路富集分析。结果:UGT2A3在所有9个数据集的CRC组织中均明显下调。与UGT2A3高表达组相比,UGT2A3低表达组的ImmuneScore、EstimateScore和StromalScore得分明显较高,且免疫细胞丰度较高(记忆B细胞除外)。在正常组织中,UGT2A3的差异表达主要影响癌症相关通路,而在CRC组织中主要影响代谢途径。miR-194-2、miR-224和miR-551b在所有分组中均显著差异表达,其被认为是CRC中潜在的UGT2A3上游调控基因。结论:UGT2A3、miR-194-2、miR-224和miR-551b可作为CRC潜在的诊断生物标志物。

作者:李宏峰;赵俊芳;陈雪雯;宋林;部楠

来源:国际生物医学工程杂志 2021 年 44卷 3期

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作者:
李宏峰;赵俊芳;陈雪雯;宋林;部楠
来源:
国际生物医学工程杂志 2021 年 44卷 3期
标签:
UGT2A3 miRNA 结直肠癌 早期诊断 调控机制 UGT2A3 miRNA Colorectal cancer Early diagnosis Regulatory mechanism
目的:研究UDP-葡萄糖醛酸糖基转移酶(UGT)家族成员UGT2A3的差异表达在结直肠癌(CRC)发生中的作用及调控机制。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图集(TCGA)中共下载了9个CRC数据集。采用R语言分析UGT2A3在CRC组织和癌旁正常组织中的差异表达情况。在TCGA中根据UGT2A3的表达水平,在所有样本、正常组织、癌组织样本中分别选取表达最高和最低的前20例样本,比较免疫细胞丰度和免疫富集评分;筛选差异表达基因和差异表达miRNA,并进行差异表达基因的通路富集分析。结果:UGT2A3在所有9个数据集的CRC组织中均明显下调。与UGT2A3高表达组相比,UGT2A3低表达组的ImmuneScore、EstimateScore和StromalScore得分明显较高,且免疫细胞丰度较高(记忆B细胞除外)。在正常组织中,UGT2A3的差异表达主要影响癌症相关通路,而在CRC组织中主要影响代谢途径。miR-194-2、miR-224和miR-551b在所有分组中均显著差异表达,其被认为是CRC中潜在的UGT2A3上游调控基因。结论:UGT2A3、miR-194-2、miR-224和miR-551b可作为CRC潜在的诊断生物标志物。