近年来,随着技术的进步、测序成本的降低,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)技术开始应用于结核分枝杆菌传播的研究.本研究采用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的分型方法评价多位点数目可变串联重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)分型判断泛耐药结核分枝杆菌(extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis,XDR-TB)传播及成簇特征的准确性.对2003—2009年重庆市肺科医院诊断的55例XDR-TB菌株分别进行9+3个位点的VNTR分型和WGS分析,分别构建系统进化树,并比较两种方法判断成簇的一致性与差异.VNTR分型方法鉴定出45个基因型,其中39株为单一基因型,16株(29.1％)分别归入6个基因簇.规定菌株间差异不超过12个SNP即为成簇,WGS将20株(36.4％)分为5个簇.两种方法判断成簇的一致性为63.6％.与WGS相比,VNTR分型的灵敏度为40.0％,特异度为77.1％.相比于WGS,VNTR分型特异度较高,但仅凭其结果可能会错误估计XDR-TB的传播性.因此,规定菌株间相差不超过12个SNP即有近期传播关系是否适用于XDR-TB,有待进一步研究.
作者：陈昕昶；陈嘉臻；张文宏
来源：微生物与感染 2018 年 13卷 6期
