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目的:探讨miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p在视神经炎(ON)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达水平,并采用生物信息学方法分析差异表达的microRNA在ON发病过程中的分子调控网络.方法:收集ON患者5例(ON组)及同期体检健康者5例(对照组),应用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法检测PBMC中miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p的表达水平.应用miRNAbase数据库分析miR-125a-5p在不同物种间的保守性.应用TargetScan数据库、PicTar数据库、miRanda数据库及miRDB数据库预测hsa-miR-125a-5p交集靶基因;应用DAVID数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行GO功能富集分析;应用KOBAS数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行KEGG信号通路富集分析;应用STRING 数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析.结果:ON组PBMC中miR-125a-5p表达水平(1.086×10-3±0.692×10-3)显著低于对照组(4.468×10-3±2.322×10-3) (P<0.05),两组miR-145-3p和miR-145-5p表达比较,均未见明显差异(P>0.05);miR-125a-5p成熟序列在不同物种间具有高度保守性;hsa-miR-125a-5p潜在交集靶基因有78个;GO富集结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因功能主要富集于nucleus、nucleoplasm、membrane等14个生物学过程;KEGG通路结果显示,hsa-miR-

作者:战家霖;梁巧雯;黄艳玲;杜毅;何剑峰

来源:广西医科大学学报 2020 年 37卷 4期

知识库介绍

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作者:
战家霖;梁巧雯;黄艳玲;杜毅;何剑峰
来源:
广西医科大学学报 2020 年 37卷 4期
标签:
视神经炎 miR-125a-5p miR-145-3p miR-145-5p 生物信息学 靶基因
目的:探讨miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p在视神经炎(ON)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达水平,并采用生物信息学方法分析差异表达的microRNA在ON发病过程中的分子调控网络.方法:收集ON患者5例(ON组)及同期体检健康者5例(对照组),应用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法检测PBMC中miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p的表达水平.应用miRNAbase数据库分析miR-125a-5p在不同物种间的保守性.应用TargetScan数据库、PicTar数据库、miRanda数据库及miRDB数据库预测hsa-miR-125a-5p交集靶基因;应用DAVID数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行GO功能富集分析;应用KOBAS数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行KEGG信号通路富集分析;应用STRING 数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析.结果:ON组PBMC中miR-125a-5p表达水平(1.086×10-3±0.692×10-3)显著低于对照组(4.468×10-3±2.322×10-3) (P<0.05),两组miR-145-3p和miR-145-5p表达比较,均未见明显差异(P>0.05);miR-125a-5p成熟序列在不同物种间具有高度保守性;hsa-miR-125a-5p潜在交集靶基因有78个;GO富集结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因功能主要富集于nucleus、nucleoplasm、membrane等14个生物学过程;KEGG通路结果显示,hsa-miR-