罗汉果是广西特有药用及甜料植物，其主要成分之一甜苷 V 作为天然、非糖甜味剂，具有广阔的开发前景，但罗汉果目前完全来自于栽培，适生区狭窄，连作障碍严重，加之含量低导致甜苷 V 生产成本居高不下，严重限制了其应用。为了减少盲目性，在大规模全基因组深度测序之前，先做低覆盖度的基因组 Survey测序，评价基因组的大小及复杂程度，以确定适合该植物全基因组的测序研究策略。该研究采用第二代高通量测序技术(Illumina HiseqTM 2000)首次测定了罗汉果基因组大小，并利用生物信息学方法估计罗汉果杂合率、重复序列和 GC 含量等基因组信息。结果表明：(1)获得了18．1 Gb 罗汉果基因组测序数据，基因组大小估计为344．95 Mb 左右，测序深度为52×；(2)从 K-mer 分布曲线发现罗汉果基因组有明显的杂合峰，杂合率达1．5％，基因组高杂合导致组装的结果中 Contig N50和 Scaffold N50的长度比预期的要短很多，还造成 GC 平均深度及含量分布明显异常，存在一个低深度分布区域。基因组主峰后面有微弱的重复峰，说明罗汉果存在较多的重复序列；(3)由于罗汉果存在高杂合率和重复序列较多的特点，该基因组测序分析仅采用全基因组鸟枪法(WGS)策略不合适，为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装，可尝试结合采
作者：唐其；马小军；莫长明；潘丽梅；韦荣昌；赵欢
来源：广西植物 2015 年 6期
