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目的 探讨差异表达miRNAs与甲状腺癌患者预后的关系.方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌及甲状腺癌旁组织的miRNAs测序数据和临床信息.采用R程序语言包筛选差异表达的miRNAs.应用Kaplan-Meier(log-rank检验)生存曲线进行生存分析,比较与总体生存率相关的miRNAs与临床参数的关系.利用靶基因分析软件对与总体生存率相关miRNAs的靶基因进行预测,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 筛选出差异表达miRNAs共计91个,其中上调miRNAs 86个,下调miRNAs 5个.miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767与总体生存率呈显著相关(P<0.05).miRNA-509-3和miRNA-196a-2与临床分期和甲状腺癌类型显著相关(P<0.05).3种miRNAs的靶基因主要参与细胞黏附、凋亡、细胞周期等生物学过程和与肿瘤相关的代谢通路.结论 miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767可能在甲状腺癌的发生发展中发挥作用,通过对3种miRNAs的靶基因预测分析,为甲状腺癌发病机制的进一步研究提供基础.

作者:赵建英;王玄;李云慧;邱广斌

来源:解放军医药杂志 2017 年 29卷 12期

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作者:
赵建英;王玄;李云慧;邱广斌
来源:
解放军医药杂志 2017 年 29卷 12期
标签:
微RNAs 甲状腺肿瘤 预后 生物信息学 MicroRNAs Thyroid neoplasms Prognosis Bioinformatics
目的 探讨差异表达miRNAs与甲状腺癌患者预后的关系.方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌及甲状腺癌旁组织的miRNAs测序数据和临床信息.采用R程序语言包筛选差异表达的miRNAs.应用Kaplan-Meier(log-rank检验)生存曲线进行生存分析,比较与总体生存率相关的miRNAs与临床参数的关系.利用靶基因分析软件对与总体生存率相关miRNAs的靶基因进行预测,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 筛选出差异表达miRNAs共计91个,其中上调miRNAs 86个,下调miRNAs 5个.miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767与总体生存率呈显著相关(P<0.05).miRNA-509-3和miRNA-196a-2与临床分期和甲状腺癌类型显著相关(P<0.05).3种miRNAs的靶基因主要参与细胞黏附、凋亡、细胞周期等生物学过程和与肿瘤相关的代谢通路.结论 miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767可能在甲状腺癌的发生发展中发挥作用,通过对3种miRNAs的靶基因预测分析,为甲状腺癌发病机制的进一步研究提供基础.