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目的:基于网络药理学和分子对接探讨大黄-黄芪药对防治糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)的作用机制.方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis plat-form,TCMSP)中检索大黄、黄芪的有效成分及靶点.在GeneCards、Drugbank、在线人类孟德尔遗传数据库(online mende-lian inheritance in man,OMIM)检索DKD相关靶点.利用Venny 2.1.0软件筛选有效成分相关靶点和疾病靶点的交集,并绘制韦恩图.通过Cytoscape 3.9.1软件构建"中药-有效成分-交集靶点-DKD"网络图,并进行拓扑分析筛选关键成分.将交集靶点输入String数据库获取蛋白质互作(protein-protein interaction networks,PPI)关系,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络,并采用拓扑分析插件CytoNCA筛选核心靶点.运用R语言软件对交集靶点进行基因本体(gene on-tology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析.利用Atuodock软件对关键成分和核心靶点进行分子对接.结果:大黄-黄芪药对有效成分27个,作用靶点212个,DKD疾病靶点3 513个,有效成分与疾病的交集靶点156个."中药-有效成分-交集靶点-DKD"网络拓扑分析得

作者:王晓斐;吴深涛

来源:河南中医 2023 年 43卷 5期

知识库介绍

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作者:
王晓斐;吴深涛
来源:
河南中医 2023 年 43卷 5期
标签:
大黄-黄芪药对 糖尿病肾脏病 网络药理学 分子对接 作用机制
目的:基于网络药理学和分子对接探讨大黄-黄芪药对防治糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)的作用机制.方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis plat-form,TCMSP)中检索大黄、黄芪的有效成分及靶点.在GeneCards、Drugbank、在线人类孟德尔遗传数据库(online mende-lian inheritance in man,OMIM)检索DKD相关靶点.利用Venny 2.1.0软件筛选有效成分相关靶点和疾病靶点的交集,并绘制韦恩图.通过Cytoscape 3.9.1软件构建"中药-有效成分-交集靶点-DKD"网络图,并进行拓扑分析筛选关键成分.将交集靶点输入String数据库获取蛋白质互作(protein-protein interaction networks,PPI)关系,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络,并采用拓扑分析插件CytoNCA筛选核心靶点.运用R语言软件对交集靶点进行基因本体(gene on-tology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析.利用Atuodock软件对关键成分和核心靶点进行分子对接.结果:大黄-黄芪药对有效成分27个,作用靶点212个,DKD疾病靶点3 513个,有效成分与疾病的交集靶点156个."中药-有效成分-交集靶点-DKD"网络拓扑分析得