目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤(hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777.该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组.采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)的筛选,应用Cytoscape插件ClueGO+ Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络.通过相互作用基因库检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析.结果 HIBD组共发现973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调.DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路.HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调.PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调.结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通

作者：石晶；唐军；母得志

来源：四川大学学报（医学版） 2016 年 47卷 5期