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目的 探讨结肠癌(CC)中具有预后意义的铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNAs),并构建预后相关的预测评分模型,最后得到与预后相关lncRNAs共表达的铁死亡相关差异基因.方法 从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因(FGs),在TCGA数据库中共下载41例癌旁正常组织、473例肿瘤组织的表达数据和452位患者的临床数据,通过共表达和差异分析确定铁死亡相关的差异lncRNA(DEFlncRNAs),使用单因素Cox回归分析确定预后相关的DEFlncRNAs,再运用多因素Cox回归分析构建预后模型、计算患者的风险得分,根据风险得分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,通过Kaplan-Meier风险曲线、单因素和多因素Cox回归分析和受试者工作特征(ROC)曲线验证模型的准确性,而后绘制列线图预测患者生存情况.最终,通过共表达分析找到调控DEFlncRNAs的铁死亡差异基因,并用免疫组织化学实验验证表达差异.结果 从TCGA数据库下载CC样本的表达及临床数据,并成功构建了含28个lncRNAs的风险预后模型,模型可较好地预测结肠癌患者的预后;成功构建了可预测患者总体生存期的列线图,该模型具有良好的临床应用价值.最后通过DEFlncRNAs和差异表达的铁死亡相关基因(DEFGs)共表达分析,得到相关系数过滤标准(|corFilter|)>0.4,P值过滤标准(P value filter)<0.05的共表达

作者:李晓军;张雅敏

来源:解剖学报 2023 年 54卷 4期

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李晓军;张雅敏
来源:
解剖学报 2023 年 54卷 4期
标签:
铁死亡 结肠细胞癌 预后模型 生物信息学 Cox回归分析 人 Ferroptosis Coloncellular carcinoma Prognostic model Bioinformatics Cox regression analysis Human
目的 探讨结肠癌(CC)中具有预后意义的铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNAs),并构建预后相关的预测评分模型,最后得到与预后相关lncRNAs共表达的铁死亡相关差异基因.方法 从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因(FGs),在TCGA数据库中共下载41例癌旁正常组织、473例肿瘤组织的表达数据和452位患者的临床数据,通过共表达和差异分析确定铁死亡相关的差异lncRNA(DEFlncRNAs),使用单因素Cox回归分析确定预后相关的DEFlncRNAs,再运用多因素Cox回归分析构建预后模型、计算患者的风险得分,根据风险得分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,通过Kaplan-Meier风险曲线、单因素和多因素Cox回归分析和受试者工作特征(ROC)曲线验证模型的准确性,而后绘制列线图预测患者生存情况.最终,通过共表达分析找到调控DEFlncRNAs的铁死亡差异基因,并用免疫组织化学实验验证表达差异.结果 从TCGA数据库下载CC样本的表达及临床数据,并成功构建了含28个lncRNAs的风险预后模型,模型可较好地预测结肠癌患者的预后;成功构建了可预测患者总体生存期的列线图,该模型具有良好的临床应用价值.最后通过DEFlncRNAs和差异表达的铁死亡相关基因(DEFGs)共表达分析,得到相关系数过滤标准(|corFilter|)>0.4,P值过滤标准(P value filter)<0.05的共表达