目的 应用生物信息学方法分析RET/RAS/BRAF基因驱动甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)的共表达关键基因.方法 从GEO下载数据集GSE58545,利用在线分析GE O2 R工具筛选差异表达基因,通过韦恩图交集寻找共表达基因,应用GO、KEGG、Matascape等数据库分析共表达基因的功能及通路,应用Cytoscape软件和STRING网络明确关键基因,应用Oncomine数据库分析关键基因的表达,应用Ualcan数据库验证TCGA数据库中关键基因在PTC中的表达趋势及临床病理联系,在HPA数据库确认关键基因编码蛋白在PTC中的表达.结果 KEGG、Canonical、Reactome通路分析筛选出来的34个RET/RAS/BRAF基因驱动PTC的共表达基因,分别与转录失调、p53蛋白调控免疫球蛋白死亡结构域、MET信号转导事件有关,从中挖掘出10个关键基因:MET、DPP4、ENTPD1、MUC1、SPINT1、BHL-HE40、CLDN1、GALNT7、TGFA、TYMS,进一步由Oncomine和Ualcan数据库的临床病理资料证实关键基因mRNA的表达均显著高于正常组织(P<0.01),除了ENTPD1、TGFA、TYMS基因,其他7个基因mRNA的表达均与PTC淋巴结转移相关(P<0.01),目前尚未见ENTPD1、BHLHE40、GALNT7和TYMS这4个分子在PTC中的研究报道.结论 该实验利用生物信息学方法筛出的关键基因,丰富了RET/RAS/BRAF基因驱动PTC中

作者：仇以利；陈一峰；杨金玲；张宏图

来源：临床与实验病理学杂志 2021 年 37卷 6期