目的:利用生物信息的方法,建立一种对不同ER表达状态乳腺癌差异表达microRNAs生物学功能和信号通路系统分析的方法,探讨microRNAs在不同ER状态中可能发挥的调控作用.方法:通过文献挖掘,找出不同ER表达状态乳腺癌差异表达microRNAs,利用预测软件TargetScan、PicTar、miRanda和TarBase数据库得出microRNAs可能靶向的基因集,对靶基因集进行去除随机化的富集分析后,再利用DAVID数据库进行相关生物学功能和信号通路分析.结果:通过文献挖掘的方法找到了5个不同ER表达状态乳腺癌microRNAs差异表达数据集,分别包含了11、43、25、6及19个差异表达的microRNAs.经过靶基因预测及富集后,得到的不同microRNAs靶基因集分别包括1 553、1 750、1 905、1 250和1 826个靶基因.进一步功能及通路分析发现,这些靶基因集可能参与转录相关蛋白质定位及转移、RNA代谢、细胞周期、细胞凋亡和细胞分裂等多个生物学过程,并发现3条共同的BIOCARTA细胞信号通路可能与ER表达调节相关.结论:找到了不同ER表达状态乳腺癌差异表达的microRNAs,并利用生物信息学方法对这些microRNAs进行系统分析,为进一步研究microRNAs在乳腺癌不同分子亚型分化中的调控机制奠定基础.
作者：姜茂竹；曾融；麦仲伦；吴钢；郑燕芳；张积仁
来源：中华肿瘤防治杂志 2012 年 19卷 23期
