目的 潜在治疗靶点的筛选鉴定是肿瘤研究的关键.本研究利用癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Ge-nome Atlas,TCGA)中RNA-Seq数据构建乳腺癌相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(mi-croRNA,miRNA)-mRNA共表达网络,并筛选验证其中的关键基因.方法 对TCGA中1213例乳腺样本RNA-Seq数据及临床资料进行整理.提取其中113例乳腺癌及癌旁配对样本分析其中lncRNA、miRNA及mRNA的表达差异.利用WGCNA计算上述差异基因在1100例乳腺癌样本中表达的相关性并构建共表达网络.通过排列网络中基因与基因连接的数量关系分别筛选出关键的lncRNA、miRNA及mRNA,并利用本地标本库乳腺癌样本对关键基因在癌和癌旁的表达进行验证.最后,结合TCGA的临床资料采用Kaplan-Meier分析不同表达患者的生存率差异.结果 在113例配对乳腺癌及癌旁样本中共发现4582个差异基因,其中3514个表达上调,1068个表达下调.对上述差异基因的聚类分析可以有效地区分肿瘤与正常组织.构建的共表达网络包括739个节点及17375个连接,其中lncRNA 65个,miR-NA 3个,mRNA 671个,占整个差异表达基因的16.1％.网络中的关键基因CDK1(P<0.001)、RP11-214F16.8(P=0.048)和MIR27A(P=0.027)在肿瘤组织中的表达均高于正常癌旁组织.低表达RP11-214F16.8、

作者：侯敏；蒋琳；詹红梅；皈燕；赵妍丽；马代远；谭榜宪

来源：中华肿瘤防治杂志 2018 年 25卷 1期