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目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制.方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn(+)细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集(gene set enrichment analysis,GESA)方法行GO基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析.结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972 个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG 分析 DEGs 主要富集在磷脂酰肌醇-3 激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)和 Wnt 等经典信号通路上.结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向.

作者:姚健楠;高天博;段凌;刘健;蒋玉良;安广宇;葛洋

来源:首都医科大学学报 2020 年 41卷 3期

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作者:
姚健楠;高天博;段凌;刘健;蒋玉良;安广宇;葛洋
来源:
首都医科大学学报 2020 年 41卷 3期
标签:
结直肠癌 O-型糖基化 基因表达谱 差异表达基因 Cosmc 生物信息学
目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制.方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn(+)细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集(gene set enrichment analysis,GESA)方法行GO基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析.结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972 个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG 分析 DEGs 主要富集在磷脂酰肌醇-3 激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)和 Wnt 等经典信号通路上.结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向.