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目的 通过生物信息学方法分析白细胞介素-33(interleukin-33,IL-33)对肿瘤免疫微环境的影响,探讨在肿瘤免疫微环境中IL-33上调干扰素-γ(interferon-gamma,IFN-γ)表达的机制.方法 应用生存曲线在线分析工具分析IL-33表达对患者生存时间的影响.从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和蛋白网络相互作用分析,探讨IL-33对相关基因的功能和信号通路的影响.从临床蛋白质组肿瘤分析协会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium,CPTAC)蛋白和蛋白磷酸化组数据库中下载数据,分析IL-33表达与异质性胞核核糖核蛋白D(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D,HNRNPD或AU-rich element binding factor 1,AUF1)表达的相关性.结果 生存曲线在线分析结果显示IL-33的高表达显著改善多种癌症生存预后.在IL-33受体St2敲除鼠结肠癌模型中,IFN-γ表达显著下调.IL-33影响的基因主要富集于对IFN-γ的反应,对IFN-β的反应,固有免疫调控等信号通路和生物过程中.CPTAC蛋白质组数据分析提示IL-33和AUF1表达显著负相关(r=-0.64,P<0.001).结论 IL-33在肿瘤免疫微环境

作者:韩鸿举;苏子阳;周玉洁;王玺

来源:首都医科大学学报 2021 年 42卷 2期

知识库介绍

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作者:
韩鸿举;苏子阳;周玉洁;王玺
来源:
首都医科大学学报 2021 年 42卷 2期
标签:
白细胞介素-33 计算生物学 免疫疗法 转录组 蛋白质组
目的 通过生物信息学方法分析白细胞介素-33(interleukin-33,IL-33)对肿瘤免疫微环境的影响,探讨在肿瘤免疫微环境中IL-33上调干扰素-γ(interferon-gamma,IFN-γ)表达的机制.方法 应用生存曲线在线分析工具分析IL-33表达对患者生存时间的影响.从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和蛋白网络相互作用分析,探讨IL-33对相关基因的功能和信号通路的影响.从临床蛋白质组肿瘤分析协会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium,CPTAC)蛋白和蛋白磷酸化组数据库中下载数据,分析IL-33表达与异质性胞核核糖核蛋白D(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D,HNRNPD或AU-rich element binding factor 1,AUF1)表达的相关性.结果 生存曲线在线分析结果显示IL-33的高表达显著改善多种癌症生存预后.在IL-33受体St2敲除鼠结肠癌模型中,IFN-γ表达显著下调.IL-33影响的基因主要富集于对IFN-γ的反应,对IFN-β的反应,固有免疫调控等信号通路和生物过程中.CPTAC蛋白质组数据分析提示IL-33和AUF1表达显著负相关(r=-0.64,P<0.001).结论 IL-33在肿瘤免疫微环境