为了探究γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)甲烷氧化菌Methylomicrobium alcaliphilum 20Z的甲烷同化代谢过程.文中整合RNA-seq、LC-MS技术并结合13C标记策略对核酮糖单磷酸途径(Ribulose monophosphate pathway)及下游途径展开系统组学分析.M.alcaliphilum 20Z代谢物组定量分析表明Entner-Doudoroff (EDD)途径的中间代谢物6-磷酸葡萄糖的浓度是(150.95±28.75) μmol/L,2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡糖酸浓度低于质谱定量分析检测限,而Embden-Meyerhof-Parnas (EMP)途径中果糖l,6-二磷酸、甘油醛-3-磷酸/二羟丙酮磷酸和磷酸烯醇式丙酮酸的浓度分别是(1 142.02±302.88) μmol/L、(1 866.76±388.55) μmol/L和(3 067.57±898.13) μmol/L.通过EDD和EMP途径的代谢物13C同位素动态富集研究,进一步揭示3位标记丙酮酸丰度是l位标记丙酮酸丰度的4～6倍.最后,基因表达比较分析发现EMP途径的关键基因(如:fbaA、tpiA、gap和pykA)的表达水平(RPKM)分别是2 479.2、2 493.9、2 274.6和1 846.0,而EDD途径中基因(如:pgi、eda和edd)的RPKM仅是263.8、341.2和225.4.综合上述结果阐明EMP途径才是M.alcaliphilum 20Z进行甲烷同化的关键通路.EMP途径代谢功能的全新阐述不但改变对Gammaproteobacteria甲烷氧化菌甲烷同化模式的传统

作者：崔金玉；姚陆；孙效乐；Marina G.Kalyuzhnaya；杨松

来源：生物工程学报 2014 年 30卷 1期