目的：对获得的3株肠道病毒71（EV71）型毒株进行全基因组序列测定，并对其进化特点及分型进行初步分析。方法：提取病毒RNA，反转录得到cDNA，PCR分段扩增覆盖病毒全长序列的6个重叠片段（不包括多聚腺苷酸尾）；用软件将3株EV71的各片段序列进行拼接、编辑和校正，随后进行氨基酸翻译及序列比较；用MEGA4.1软件构建系统进化树。结果：获得了3株EV71的全长序列：GDV103株基因组全长7404 nt，包括741 bp的5'端非编码区（UTR）、6582 bp的病毒基因组编码区（ORF）及81 bp的3'UTR；安徽株（Anhui2007）基因组全长7405 nt，包括742 bp的5'UTR、6582 bp的ORF及81 bp的3'UTR；VR1432株基因组全长7408 nt，包括743 bp的5'UTR、6582 bp的ORF及83 bp的3'UTR长。经同源性比对和进化树分析，证实GDV103和安徽株EV71属于C基因型的C4基因亚型，而VR1432株则属于C基因型的C2基因亚型。结论：获得了3株EV71的全长基因组序列，并进一步探讨了其型别，为下一步的干扰素保护实验奠定了基础。
作者：刘颖；樊红艳；赵兴卉；张晓鹏；于蕊；吴诗坡；张哲；付玲；侯利华
来源：生物技术通讯 2013 年 6期
