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目的:筛选甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移和远处转移相关核心基因.方法:对TCGA数据库中PTC的数据样本进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与PTC发生淋巴结转移和远处转移相关性最高的候选核心基因.利用基因表达数据库中的GSE3678数据集、Oncomine数据库和86对PTC患者组织进行验证,并分析其与临床病理特征间的相关性.结果:筛选出6个与PTC淋巴结转移密切相关的核心基因(CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3)和3个与PTC远处转移密切相关的核心基因(LAMA2、GPC3和CCL17).经过PTC和癌旁组织验证,CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP和LPAR5在PTC中明显高表达,而GPC3在PTC中显著低表达,且均与颈部淋巴结转移密切相关(P<0.05).另外,LPAR5在肿瘤>2 cm的PTC中表达更高,而GPC3在双侧PTC中的表达更低(P<0.05).结论:通过WGCNA的方法筛选出与PTC淋巴结转移和远处转移密切相关的核心基因,可为PTC的诊断和治疗提供潜在的基因靶点,为PTC转移相关分子机制的研究提供新的方向.

作者:郭明月;王利东;黄咏莲;刘晨希;谭浩;刘臻

来源:现代肿瘤医学 2022 年 30卷 3期

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作者:
郭明月;王利东;黄咏莲;刘晨希;谭浩;刘臻
来源:
现代肿瘤医学 2022 年 30卷 3期
标签:
甲状腺乳头状癌;加权共表达网络;核心基因;淋巴结转移;远处转移
目的:筛选甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移和远处转移相关核心基因.方法:对TCGA数据库中PTC的数据样本进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与PTC发生淋巴结转移和远处转移相关性最高的候选核心基因.利用基因表达数据库中的GSE3678数据集、Oncomine数据库和86对PTC患者组织进行验证,并分析其与临床病理特征间的相关性.结果:筛选出6个与PTC淋巴结转移密切相关的核心基因(CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3)和3个与PTC远处转移密切相关的核心基因(LAMA2、GPC3和CCL17).经过PTC和癌旁组织验证,CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP和LPAR5在PTC中明显高表达,而GPC3在PTC中显著低表达,且均与颈部淋巴结转移密切相关(P<0.05).另外,LPAR5在肿瘤>2 cm的PTC中表达更高,而GPC3在双侧PTC中的表达更低(P<0.05).结论:通过WGCNA的方法筛选出与PTC淋巴结转移和远处转移密切相关的核心基因,可为PTC的诊断和治疗提供潜在的基因靶点,为PTC转移相关分子机制的研究提供新的方向.