目的:对应用circRNA高通量测序技术在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)新生大鼠肺组织中筛选出差异表达的circ_Dock6进行体内验证,并通过生物信息学方法预测其相对应的miRNA靶基因,分析其所参与的生物学过程及富集的信号通路。方法:采用实时定量PCR技术检测ARDS组(12只)和正常对照组(12只)新生大鼠肺组织circ_Dock6表达变化。应用TargetScan、RNAhybrid和miRanda数据库预测circ_Dock6可能的募集miRNAs及其对应的靶基因,并对各个miRNA的靶基因进行功能富集分析和信号通路富集分析。结果:ARDS组新生大鼠肺组织circ_Dock6表达(0.44±0.29)较正常对照组(1.63±1.33)显著下调(
t=2.060,
P<0.05)。用3个数据库得到circ_Dock6可能募集的miRNAs(miR-24-3p、miR-667-3p、miR-711、miR-203b-5p、miR-5132-5p等)的靶基因交集情况;对前述靶基因的合集进行注释描述、富集分析,其靶基因的功能参与调控多种生物学过程,包括各种细胞蛋白质代谢、蛋白质氨基酸磷酸化、DNA依赖性转录调节、生物调节、组织器官发育、细胞分化、信号调节、基因表达、对刺激的反应性调节等;细胞组分富集分析可见靶基因集合富集于细胞内、细胞器、细胞质、细胞核等几乎所有细胞组分上;分子功能富集分析可见其具有转移酶活性、转
作者:韩晶晶;许卫东;陶慧娴;卢志涛;杨远;陈旸;周晓光
来源:中华实用儿科临床杂志 2020 年 35卷 23期