目的 基于生物信息学方法筛选并分析绝经后女性外周血单核细胞(PBMs)中与骨质疏松相关的差异表达基因.方法 利用NCBI中的GEO基因芯片公共数据库进行数据分析,选择芯片数据(GSE56815)作为分析对象,采用R软件(3.6.1版)中的Limma程序包筛选差异表达基因,并应用R软件中的ClusterProfiler程序包对筛选出的表达上调的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,选用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图.结果 通过对GSE56815进行分析,共筛选出40个差异表达基因,其中上调基因34个和下调基因6个.34个上调差异表达基因GO分析发现,主要富集于中性粒细胞脱颗粒、免疫反应的中性粒细胞激活、对细菌来源的分子反应、对脂多糖的反应和细胞对生物刺激的反应;KEGG富集分析结果显示,上调差异表达基因主要富集到NOD样受体信号通路、金黄色葡萄球菌感染、成骨细胞的分化、糖类降解和精氨酸的生物合成等信号通路.采用String数据库构建的上调差异表达基因的PPI网络分析显示,CEACAM8、LTF、CRISP3、CAMP、LCN2、DEFA4、MMP8、ARG1、HP、BPI、CEACAM6、TCN1和ELANE蛋白存在着互作关系;上述关键差异表达基因GO富集分析发现,主要富集在中性粒细胞脱颗粒、抗菌肽、对脂多糖的反应、细胞外基质组织.结论 CEACAM8、LTF 、CAMP 、
作者：邓禹；黄禾；金鸿雁
来源：生殖医学杂志 2021 年 30卷 10期
