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运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制.通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息.利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息.利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING 11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina 1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证.共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素代谢过程(hormone metabolic process)、白细胞黏附(leukocyte cell-cell adhesion)等生物进程;KEGG富集主要集中在癌症中的蛋白聚糖信号通路(Proteoglycans in cancer pathway)、脂质和动脉粥样硬化信号通路(Lipid and atherosclerosis pathway)、FoxO 信号通路(FoxO signaling path

作者:钟秀玉;张建

来源:特产研究 2023 年 45卷 3期

知识库介绍

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作者:
钟秀玉;张建
来源:
特产研究 2023 年 45卷 3期
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火把花根 IgA肾病 网络药理学 分子对接 火把花根片 Tripterygium hypoglaucum root IgAN network pharmacology molecular docking huobahuagen tablet
运用网络药理学及分子对接技术探讨火把花根治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)潜在分子机制.通过文献检索搜集中药火把花根的化合物成分信息,利用PubChem、SwissADME数据库筛选药物成分,通过Pharmmapper数据库预测药物作用靶点信息.利用DisGenet、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库预测IgAN疾病靶点信息.利用R4.2.0 ggvenn包对预测的药物和疾病靶点交互映射、获得交集靶点;利用STRING 11.5、Cytoscape 3.9.0对交集靶点进行蛋白互作分析;利用R4.2.0 clusterProfiler包对交集靶点进行GO、KEGG生物信息富集分析,获得火把花根干预IgAN的潜在通路;利用Cytoscape 3.9.0构建药物成分-靶点网络图;使用AutoDock Vina 1.1.2对核心成分、受体蛋白结合模式进行分子对接验证.共筛选获得火把花根活性成分19个,预测到火把花根干预IgAN潜在靶点54个,利用cytohubba获得10个核心靶点;GO富集显示潜在靶点主要参与伤口愈合(wound healing)、激素代谢过程(hormone metabolic process)、白细胞黏附(leukocyte cell-cell adhesion)等生物进程;KEGG富集主要集中在癌症中的蛋白聚糖信号通路(Proteoglycans in cancer pathway)、脂质和动脉粥样硬化信号通路(Lipid and atherosclerosis pathway)、FoxO 信号通路(FoxO signaling path