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目的 采用生物信息学方法,构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)预后评估模型,并判断对HCC患者预后情况.方法 从肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)数据库中下载374例HCC和50名正常组织标本的RNA测序数据,使用R语言筛选得到差异表达的RBPs.采用单因素和多因素Cox风险回归模型分析并构建差异RBPs预后模型并对该预后模型的有效性进行验证.此外,多因素Cox分析临床特征是否为HCC预后的独立风险因素.结果 共筛选出6个差异RBPs(EZH2、SMG5、ANG、PPARGC1A、LARP1B、NR0B1)建立HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,试验组和验证组中模型的曲线下面积分别为0.737和0.787,证实该模型具有较好的预后预测价值.多因素Cox回归分析表明,肿瘤分期和风险评分是影响HCC患者总体生存时间的独立因素(HR=1.533,P<0.001;HR= 1.557,P<0.001).结论 采用TCGA数据库成功构建了 HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,并为临床判断HCC患者的生存预后情况提供帮助.

作者:杨文娟;马莉;马青梅;李婧;张娇弟;马梦婷;张倩;刘欣跃

来源:胃肠病学和肝病学杂志 2021 年 30卷 5期

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作者:
杨文娟;马莉;马青梅;李婧;张娇弟;马梦婷;张倩;刘欣跃
来源:
胃肠病学和肝病学杂志 2021 年 30卷 5期
标签:
RNA结合蛋白 肝细胞癌 预后 生物信息学
目的 采用生物信息学方法,构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)预后评估模型,并判断对HCC患者预后情况.方法 从肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)数据库中下载374例HCC和50名正常组织标本的RNA测序数据,使用R语言筛选得到差异表达的RBPs.采用单因素和多因素Cox风险回归模型分析并构建差异RBPs预后模型并对该预后模型的有效性进行验证.此外,多因素Cox分析临床特征是否为HCC预后的独立风险因素.结果 共筛选出6个差异RBPs(EZH2、SMG5、ANG、PPARGC1A、LARP1B、NR0B1)建立HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,试验组和验证组中模型的曲线下面积分别为0.737和0.787,证实该模型具有较好的预后预测价值.多因素Cox回归分析表明,肿瘤分期和风险评分是影响HCC患者总体生存时间的独立因素(HR=1.533,P<0.001;HR= 1.557,P<0.001).结论 采用TCGA数据库成功构建了 HCC相关RNA结合蛋白的预后模型,并为临床判断HCC患者的生存预后情况提供帮助.