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目的 通过网络药理学和生物信息学挖掘并验证姜黄素抑制肾透明细胞癌增殖的作用机制.方法 从PharmMapper、GeneCards数据库筛选肾透明细胞癌和姜黄素共同靶点基因;应用TCGA数据库数据分析筛选出在肾透明细胞癌组织样本和正常组织样本中的差异表达并影响预后的共同靶点基因;利用STRING平台构建姜黄素-肾透明细胞癌靶点交互网络(protein-protein interaction,PPI);利用R软件对上述筛选靶点蛋白进行GO生物过程分析及KEGG通路富集分析;姜黄素和(或)活性氧抑制剂N-乙酰基-L-半胱氨酸(N-acetyl-L-cysteine,NAC)作用于肾癌786-O、ACHN细胞后,通过CCK8检测不同浓度姜黄素对细胞增殖及细胞活力影响,通过活性氧检测试剂盒(2′,7′-dichlorodihydrofluorescein diacetate,DCFH-DA)检测细胞内活性氧水平,丙二醛(malondialdehyde,MDA)测定试剂盒测定细胞内MDA变化.结果 PharmMapper网站及GeneCards数据库筛选出姜黄素和肾癌共同靶点109个;TCGA数据库数据分析筛选出37个差异基因可能影响患者的总体生存期;PPI筛选出姜黄素抑制肾透明细胞癌生物学行为的核心靶标蛋白主要涉及CASP3、EGFR、CHEK1、HSP90AA1、AR等.GO富集分析确定213个条目,主要包括活性氧代谢过程、对类固醇激素的反应、纤维蛋白溶解等生物活性过程;KEGG富

作者:段万里;翟宇瑶;潘思源;杨海燕;程永毅;孙羿;邓骞

来源:西安交通大学学报(医学版) 2022 年 43卷 2期

知识库介绍

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作者:
段万里;翟宇瑶;潘思源;杨海燕;程永毅;孙羿;邓骞
来源:
西安交通大学学报(医学版) 2022 年 43卷 2期
标签:
肾透明细胞癌;姜黄素;氧化应激;增殖;网络药理学;生物信息学
目的 通过网络药理学和生物信息学挖掘并验证姜黄素抑制肾透明细胞癌增殖的作用机制.方法 从PharmMapper、GeneCards数据库筛选肾透明细胞癌和姜黄素共同靶点基因;应用TCGA数据库数据分析筛选出在肾透明细胞癌组织样本和正常组织样本中的差异表达并影响预后的共同靶点基因;利用STRING平台构建姜黄素-肾透明细胞癌靶点交互网络(protein-protein interaction,PPI);利用R软件对上述筛选靶点蛋白进行GO生物过程分析及KEGG通路富集分析;姜黄素和(或)活性氧抑制剂N-乙酰基-L-半胱氨酸(N-acetyl-L-cysteine,NAC)作用于肾癌786-O、ACHN细胞后,通过CCK8检测不同浓度姜黄素对细胞增殖及细胞活力影响,通过活性氧检测试剂盒(2′,7′-dichlorodihydrofluorescein diacetate,DCFH-DA)检测细胞内活性氧水平,丙二醛(malondialdehyde,MDA)测定试剂盒测定细胞内MDA变化.结果 PharmMapper网站及GeneCards数据库筛选出姜黄素和肾癌共同靶点109个;TCGA数据库数据分析筛选出37个差异基因可能影响患者的总体生存期;PPI筛选出姜黄素抑制肾透明细胞癌生物学行为的核心靶标蛋白主要涉及CASP3、EGFR、CHEK1、HSP90AA1、AR等.GO富集分析确定213个条目,主要包括活性氧代谢过程、对类固醇激素的反应、纤维蛋白溶解等生物活性过程;KEGG富