您的账号已在其他设备登录,您当前账号已强迫下线,
如非您本人操作,建议您在会员中心进行密码修改

确定
收藏 | 浏览8 | 下载0

目的:挖掘与支气管肺发育不良(BPD)密切相关的hub基因,为揭示BPD发病机制提供理论依据。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库获取BPD患儿的血mRNA数据集GSE32472、GSE108756、GSE189582基因表达矩阵,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出关键模块,通过GO、KEGG功能富集和GSEA分析获取关键模块基因参与的生物学过程。将GSE32472关键模块基因与GSE108756差异表达基因取交集后得出hub基因,再经受试者工作特征曲线(ROC)联合Logistic回归分析后得出与BPD关系密切的3个hub基因,验证这3个hub基因在外部数据集GSE189582中的诊断效能。结果:WGCNA分析得出GSE32472中与BPD最密切相关的red模块共370个基因,GO分析集中在细胞因子介导信号通路、白细胞迁移及趋化、中性粒细胞激活、免疫受体等生物学功能。GSEA发现BPD组主要集中在免疫相关的分泌颗粒、三级颗粒、分泌囊泡的信号转导上。KEGG富集在病毒相关的细胞因子受体交互信号通路、雌激素信号通路、糖代谢相关的信号通路。red模块基因与GSE108756中201个差异表达基因取交集后的ROC结果显示3个hub基因(IL1R2、ADM、FPR2)对诊断BPD具有良好的特异度和敏感度,曲线下面积(AUC)均>0.7。IL1R2、ADM、FPR2对诊断BPD的 OR值达到1.70、2.16、2.4

作者:胡诤贇;史建伟;张灵凤;张涛;陈曦;孙春美

来源:中华生物医学工程杂志 2023 年 29卷 4期

知识库介绍

临床诊疗知识库该平台旨在解决临床医护人员在学习、工作中对医学信息的需求,方便快速、便捷的获取实用的医学信息,辅助临床决策参考。该库包含疾病、药品、检查、指南规范、病例文献及循证文献等多种丰富权威的临床资源。

详细介绍
热门关注
免责声明:本知识库提供的有关内容等信息仅供学习参考,不代替医生的诊断和医嘱。

收藏
| 浏览:8 | 下载:0
作者:
胡诤贇;史建伟;张灵凤;张涛;陈曦;孙春美
来源:
中华生物医学工程杂志 2023 年 29卷 4期
标签:
基因集富集分析 加权基因共表达网络分析 支气管肺发育不良 hub基因 信号通路 ROC曲线 Logistic模型 Gene set enrichment analysis Weighted gene co-expression network analysis Bronchopulmonary dysplasia Hub genes Signaling pathways ROC curve Logistic m
目的:挖掘与支气管肺发育不良(BPD)密切相关的hub基因,为揭示BPD发病机制提供理论依据。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库获取BPD患儿的血mRNA数据集GSE32472、GSE108756、GSE189582基因表达矩阵,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选出关键模块,通过GO、KEGG功能富集和GSEA分析获取关键模块基因参与的生物学过程。将GSE32472关键模块基因与GSE108756差异表达基因取交集后得出hub基因,再经受试者工作特征曲线(ROC)联合Logistic回归分析后得出与BPD关系密切的3个hub基因,验证这3个hub基因在外部数据集GSE189582中的诊断效能。结果:WGCNA分析得出GSE32472中与BPD最密切相关的red模块共370个基因,GO分析集中在细胞因子介导信号通路、白细胞迁移及趋化、中性粒细胞激活、免疫受体等生物学功能。GSEA发现BPD组主要集中在免疫相关的分泌颗粒、三级颗粒、分泌囊泡的信号转导上。KEGG富集在病毒相关的细胞因子受体交互信号通路、雌激素信号通路、糖代谢相关的信号通路。red模块基因与GSE108756中201个差异表达基因取交集后的ROC结果显示3个hub基因(IL1R2、ADM、FPR2)对诊断BPD具有良好的特异度和敏感度,曲线下面积(AUC)均>0.7。IL1R2、ADM、FPR2对诊断BPD的 OR值达到1.70、2.16、2.4