黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性.上皮-间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色.miRNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响.本文整合黑色素瘤细胞系转录组和miRNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从miRNA组数据中筛选出与之负相关的11个miRNA,包括miR-130a-3p、miR-130b-3p、miR-125a-5p、miR-30a-3p、miR-195-5p、miR-345-5p、miR-509-3-5p、miR-374a-5p、miR-509-5p、miR-148a-3p和miR-330-3p.经过生物信息学分析miRNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路.对11个miRNA进行分子生物学验证,发现miR-195-5p、miR-130a-3p、miR-509-5p和miR-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的miRNA.本研究运用mRNA和miRNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关miRNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用.
作者：王冬；李永君；丁楠；王均云；杨琼；杨雅冉；李艳明；方向东；赵华
来源：遗传 2015 年 37卷 7期
