目的:利用生物信息学方法分析糖皮质激素对晶状体上皮细胞(LECs)生物学功能的影响,并预测相关的微小RNA(miRNA)。方法:下载GSE3040数据集,设置1 μmol/L地塞米松处理的人LECs细胞株HLE-B3细胞为实验组,1 μmol/L二甲基亚砜(DMSO)处理的HLE-B3细胞为对照组,利用GEO2R工具分析2个组间的差异表达基因。利用Metascape网站进行差异基因功能富集分析,通过EdU细胞增生实验检测2个组间细胞增生差异。通过STRING网站和cytoscape软件构建蛋白互作网络图,cytohubba app计算出hub基因,采用实时荧光定量PCR法检测2个组间hub基因的表达差异。利用mirCode数据库预测与hub基因相关的miRNA。结果:实验组与对照组间分析出341个差异基因,其中上调基因为300个,下调基因为41个。下调基因中差异最显著的5个基因是
SLC12A1、
MED13L、
ALDH5A1、
SLC15A3和
WWC1基因;上调基因中差异最显著的5个基因是
SCNN1A、
ANKRD36、
FKBP5、
PYY和
ADH1B基因。列出了富集量排名前20的生物学功能关键词,结果显示富集量最大的是对HLE-B3细胞增生的负向调节。实验组细胞增生率为(8.09±0.20)
作者:闫楚凡;韩笑;张劲松
来源:中华实验眼科杂志 2021 年 39卷 4期