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目的:基因3′非翻译区(3′untranslated region ,3′UTR)中miRNA结合区域的遗传突变能够影响基因的表达调控,文中利用生物信息学技术预测胰岛素样生长因子2受体(insulin-like growth factor 2 receptor, IGF2R)基因3′UTR的遗传突变,并检测其对基因表达的影响。方法运用多个在线数据库,获取IGF2R基因3′UTR中具有最小等位基因频率(minor al-lele frequency, MAF)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),计算其在不同人种中的频率分布及各SNPs之间的连锁不平衡,并预测与其相应结合的miRNA。最后,检测在淋巴母细胞系中不同变体基因型对IGF2R基因mRNA表达的影响。结果在IGF2R基因3′UTR 的33个SNPs中,仅有5个SNPs(rs8191959、rs200237825、rs3832385、rs201568808、rs1050015)具有>0.05的MAF,其中只有rs1050015基因型突变对mRNA表达水平差异具有统计学意义(P=0.010)。结论IGF2R基因3′UTR的rs1050015突变能够促进其表达,可作为帮助预测癌症风险的遗传标志物及个体化治疗的潜在靶点。

作者:陈凤霞;张文文;杨芳;管晓翔

来源:医学研究生学报 2014 年 12期

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作者:
陈凤霞;张文文;杨芳;管晓翔
来源:
医学研究生学报 2014 年 12期
标签:
胰岛素样生长因子2受体基因 3′非翻译区 单核苷酸多态性 生物信息学 Insulin like growth factor 2 receptor Gene 3′UTR Single nucleotide polymorphisms Bioinformatic analysis
目的:基因3′非翻译区(3′untranslated region ,3′UTR)中miRNA结合区域的遗传突变能够影响基因的表达调控,文中利用生物信息学技术预测胰岛素样生长因子2受体(insulin-like growth factor 2 receptor, IGF2R)基因3′UTR的遗传突变,并检测其对基因表达的影响。方法运用多个在线数据库,获取IGF2R基因3′UTR中具有最小等位基因频率(minor al-lele frequency, MAF)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),计算其在不同人种中的频率分布及各SNPs之间的连锁不平衡,并预测与其相应结合的miRNA。最后,检测在淋巴母细胞系中不同变体基因型对IGF2R基因mRNA表达的影响。结果在IGF2R基因3′UTR 的33个SNPs中,仅有5个SNPs(rs8191959、rs200237825、rs3832385、rs201568808、rs1050015)具有>0.05的MAF,其中只有rs1050015基因型突变对mRNA表达水平差异具有统计学意义(P=0.010)。结论IGF2R基因3′UTR的rs1050015突变能够促进其表达,可作为帮助预测癌症风险的遗传标志物及个体化治疗的潜在靶点。