目的 通过高通量测序获得血管平滑肌细胞(VSMCs)转录谱,筛选VSMCs泡沫化进程中差异表达的主要长链非编码RNA(LncRNA)转录本,并对筛选得到的差异表达LncRNA进行功能预测及分析.方法 经氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理的家兔平滑肌细胞(浓度为80 mg/mL,24 h)为实验组,对照组无处理.收集实验组和对照组细胞,提取RNA进行质检并进行RNA-seq测序.收集测序结果中差异表达水平显著的LncRNA转录本,利用生物信息学工具预测差异表达LncRNA的潜在靶基因,并通过在线数据库对靶基因功能基因预测以探究筛选到的LncRNA与动脉粥样硬化(AS)相关性.结果 RNA提取的浓度和质量符合LncRNA测序要求.通过测序质量评估确定LncRNA在细胞中单个碱基位置测序错误率均<0.1％,测序的结果合格可靠.经筛选得到28个差异显著表达LncRNA,其中显著上调的转录本包括以下7个:TCONS_01701109、TCONS_02288701、TCONS_02636927、TCONS_00846803、TCONS_02499900、TCONS_02236116、TCONS_02225105;表达显著下调的包括以下5个:TCONS_01803508、TCONS_02523114、TCONS_00489746、TCONS_02443383、TCONS_01645487.结论 ox-LDL对VSMCs中的LncRNA表达水平有显著影响,本研究得到的差异表达LncRNA转录本可能参与了AS相关疾病的形成和发展,并且可能为后续研究

作者：黄艳；冯习；黄方舟；胡亮

来源：中国医药导报 2020 年 17卷 33期