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目的 以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物.方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG (Kyotoencyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制.肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ (ACE2)进行分子对接.结果 成分-靶点网络得到269个节点,4 204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等.GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecular function,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P<0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36kJ/mol)、去

作者:刘钱;贺桢翔;杨慧;刘新燕;曾钦;张梅;刘涛

来源:中草药 2020 年 51卷 7期

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作者:
刘钱;贺桢翔;杨慧;刘新燕;曾钦;张梅;刘涛
来源:
中草药 2020 年 51卷 7期
标签:
肺毒清 网络药理学 新型冠状病毒肺炎 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 分子对接 血管紧张素转化酶Ⅱ 木犀草素 槲皮素 去甲脱水淫羊藿黄素
目的 以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物.方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG (Kyotoencyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制.肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ (ACE2)进行分子对接.结果 成分-靶点网络得到269个节点,4 204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等.GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P<0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecular function,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P<0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36kJ/mol)、去