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目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-RA"网络图,采用String和DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)、基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,使用 Chemdraw、PyMOL、AutoDock Tools 软件以及 RCSB PDB 数据库对活性成分与关键靶点进行分子对接.结果 共筛选出11个巴戟天活性成分和37个关键靶点,GO功能和KEGG通路富集分析显示巴戟天可能通过信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、蛋白质结合、三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)结合等生物学过程,作用于哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、Janus激酶1(Janus kinase 1,JAK1)、JAK2、半胱氨酸蛋白酶-1(Caspase-1)、髓样细胞白血病蛋白1(myeloid cell leukemia 1,MCL1)等关键靶点的表达,进一步调控磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinas

作者:杨艳妮;袁培培;冯敖梓

来源:中草药 2022 年 53卷 5期

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杨艳妮;袁培培;冯敖梓
来源:
中草药 2022 年 53卷 5期
标签:
巴戟天;类风湿性关节炎;网络药理学;分子对接;哺乳动物雷帕霉素靶蛋白;Janus激酶1;Janus激酶2;半胱氨酸蛋白酶-1;髓样细胞白血病蛋白1
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-RA"网络图,采用String和DAVID数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)、基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,使用 Chemdraw、PyMOL、AutoDock Tools 软件以及 RCSB PDB 数据库对活性成分与关键靶点进行分子对接.结果 共筛选出11个巴戟天活性成分和37个关键靶点,GO功能和KEGG通路富集分析显示巴戟天可能通过信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、蛋白质结合、三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)结合等生物学过程,作用于哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、Janus激酶1(Janus kinase 1,JAK1)、JAK2、半胱氨酸蛋白酶-1(Caspase-1)、髓样细胞白血病蛋白1(myeloid cell leukemia 1,MCL1)等关键靶点的表达,进一步调控磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinas