背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差.自噬的失调可以促进HCC的发生与进展,本研究旨在分析自噬相关长链非编码RNA(lncRNA)在HCC患者中的潜在预后作用,并构建自噬相关lncRNA风险预测模型.方法:利用生物信息学方法分析TCGA数据库中374例HCC及50例正常对照样本的转录组数据及临床资料,从HADb网站获取自噬基因列表.采用Person相关性分析筛选与自噬基因相关的lncRNA,采用R软件caret程序包将筛选后的342例HCC样本按70%与30%的比例随机分为训练集及验证集,在训练集中采用Kaplan-Meier法及单因素Cox回归分析筛选出具有预后意义的lncRNA,随后采用多因素Cox回归分析筛选具有独立预后意义的自噬相关lncRNA,建立构建预后模型.使用多因素Cox回归系数计算风险评分,将患者分为低风险组和高风险组,分析算风险评分与HCC患者临床特征及总体生存的关系,并使用验证集加以验证.结果:347个lncRNA鉴定为自噬相关lncRNA(|R2|>0.3,P<0.001),其中26个lncRNA对HCC患者具有预后价值(均P<0.05).多因素Cox回归分析得到基于12个自噬相关lncRNA(CYTOR、DANCR、LINC01138、LUCAT1、MAPKAPK5-AS1、NRAV、NRSN2-AS1、LINC01871、LINC00864、LINC02362、TMEM220-AS1和PSMB8-AS1)的预测患者预后的风险模型.高风险组HCC
作者:陈圣;赵继森;李靖华;杨季红;程树杰
来源:中国普通外科杂志 2020 年 29卷 7期