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目的 了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)污染状况及其基因分布.方法 应用实时荧光逆转录-聚合酶链(Realtime RT-PCR)方法对2011年采集的72份朝阳溪污水进行NV检测,阳性标本进行基因克隆和序列测定,并进行亲缘关系分析.结果 72份污水均能检出NV,基因Ⅰ组(Genogroup Ⅰ,GⅠ)NV、基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)NV阻性率分别为70.83%和100.00%.经亲缘关系树分析发现,测序成功的239株阳性克隆,共包含有16种不同亚型的NV,GⅠ (GⅠ.1、GⅠ.3、G Ⅰ.4、GⅠ.6、G Ⅰ.9、GⅠ.10、GⅠ.13、G Ⅰ.14、)、GⅡ(GⅡ.1、GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.4、GⅡ.5、GⅡ.6、GⅡ.12、GⅡ.14)各8种.污水中GⅠ和GⅡNV代表株与广西急性腹泻病例的各亚型代表株的亲缘关系密切.在污水中还检测到37株在广西腹泻病例中未检测到的基因亚型NV,占总NV检出株数的15.48%(37/239),其中GⅠ有6个亚型、GⅡ有2个亚型.NV各亚型中检出比例最高的是GⅡ.14,占31.80% (76/239)、G Ⅰ.4次之,占18.83%(45/239).在污水中同时检出GⅡ.4 2006年变异株与2010年变异株.结论 污水监测能从侧面反映有多个基因亚型NV在南宁市人群中流行,但一些基因亚型的NV可能以隐性感染为主.

作者:邓丽丽;刘巍;马宇燕;谭冬梅;梁亮;韦敬航;钟革

来源:中国热带医学 2017 年 17卷 4期

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作者:
邓丽丽;刘巍;马宇燕;谭冬梅;梁亮;韦敬航;钟革
来源:
中国热带医学 2017 年 17卷 4期
标签:
污水 诺如病毒 亲缘关系分析 基因亚型 sewage Norovirus phylogenetic analysis gene subtype
目的 了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)污染状况及其基因分布.方法 应用实时荧光逆转录-聚合酶链(Realtime RT-PCR)方法对2011年采集的72份朝阳溪污水进行NV检测,阳性标本进行基因克隆和序列测定,并进行亲缘关系分析.结果 72份污水均能检出NV,基因Ⅰ组(Genogroup Ⅰ,GⅠ)NV、基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)NV阻性率分别为70.83%和100.00%.经亲缘关系树分析发现,测序成功的239株阳性克隆,共包含有16种不同亚型的NV,GⅠ (GⅠ.1、GⅠ.3、G Ⅰ.4、GⅠ.6、G Ⅰ.9、GⅠ.10、GⅠ.13、G Ⅰ.14、)、GⅡ(GⅡ.1、GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.4、GⅡ.5、GⅡ.6、GⅡ.12、GⅡ.14)各8种.污水中GⅠ和GⅡNV代表株与广西急性腹泻病例的各亚型代表株的亲缘关系密切.在污水中还检测到37株在广西腹泻病例中未检测到的基因亚型NV,占总NV检出株数的15.48%(37/239),其中GⅠ有6个亚型、GⅡ有2个亚型.NV各亚型中检出比例最高的是GⅡ.14,占31.80% (76/239)、G Ⅰ.4次之,占18.83%(45/239).在污水中同时检出GⅡ.4 2006年变异株与2010年变异株.结论 污水监测能从侧面反映有多个基因亚型NV在南宁市人群中流行,但一些基因亚型的NV可能以隐性感染为主.