目的 采用"分子对接-分子动力学-体外药理学"研究方法筛选并优化阻断程序性细胞死亡蛋白1/程序性细胞死亡配体 1(programmed cell death protein 1/programmed death-ligand 1,PD-1/PD-L1)结合,获得具有较高抗肿瘤活性的多肽小分子化合物.方法 利用本团队构建的5肽化合物数据库,以及从蛋白质数据库(protein databank,PDB)中下载的PD-L1蛋白质三维结构数据,采用Molecular Operating Environment软件进行柔性分子对接得到多肽化合物;对其中 GWVI/WSA(generalized Born volume integral/weighted surface area)自由能变化值(ΔG)排名最高的化合物分子进行分子动力学计算分析,包括配体重原子位置变动的均方根偏差(root mean square error,RMSD)以及相互作用能[为兰纳-琼斯势能(Lennard-Jones potential)与库伦势能(Coulombic energy)之和].通过均相时间分辨荧光(homogeneous time-re-solved fluorescence,HTRF)技术分析配体化合物对PD-1/PD-L1相互结合的阻断作用,建立Jurkat T淋巴细胞与黑色素瘤B16-F10细胞的共培养体系,探索化合物配体对T细胞杀伤肿瘤作用的影响以及对共培养上清液中IL-2分泌水平的影响.结果 在筛选的多肽化合物中,RGGHA与RGGHH与PD-L1的结合更为稳定,其中RGGHA与PD-L1存在多种相互作用力,
作者:陈祖倩;肖正泮;魏春洁;臧彧伟;从心黎;王大勇
来源:中国热带医学 2023 年 23卷 11期