目的 应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验动物奠定基础.方法 在云南昆明野外捕捉3只野外成年雄性树鼩,采取粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对树鼩粪便微生物进行研究.结果 共测序获得181657条有效序列与624个OTU,shannon稀释曲线证明此次测序量能够覆盖样本中的绝大部分物种.树鼩粪便中的细菌共鉴定出9个门、17个纲、31个目、56个科、124个属和172个种.其中,(1)优势门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别为68.38％和20.52％;(2)丰度最高的纲为为芽孢杆菌纲(Bacilli)54.81％和拟杆菌纲(Bacteroidia)20.52％;(3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01％和20.52％;(4)优势菌科为链球菌科(Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),为40.52％和12.13％;(5)乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus)的丰度最高,分别为20.03％和19.62％;(6)有益菌群如乳酸杆菌属、乳球菌属丰度相对较高,双歧杆菌属丰度较低,但在所检测样本中都含有;(7)16 s功能预测发现:氨基酸转运与代谢、碳水化合物转运与代谢等功能丰度较高.结论 应用高通量测序技术,第一次较全面的

作者：张飞燕；金洁；马玉华；王芸；张庆宇；赵玲；邬继文；吕龙宝

来源：中国实验动物学报 2018 年 26卷 6期