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目的 比较竞争性原假设χ~2-Fisher's精确概率法和自限性原假设SAM-GS方法作为基因集分析方法筛选富集基因集的效能,探讨两种方法的筛选效果.方法 采用两种待比较的方法处理5种不同情景下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的评价指标,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果 相同设定条件下,SAM-GS方法的筛选率均高于χ~2-Fisher's精确概率法.但推断结论相差不大,即当两组间均数相差较小(≤0.30)时,两种方法均不能较好地识别组间差异;相反,当两组均数差异足够大(>0.30)时,两种方法均能识别差异.结论 SAM-GS方法略优于χ~2-Fisher's精确概率法,但两种方法均可用于基因表达谱筛选富集基因集的分析.χ~2-Fisher's精确概率法的优点是可用来分析解释变量为多分类变量的数据资料.

作者:曹文君;李运明;陈长生

来源:中国卫生统计 2009 年 29卷 05期

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作者:
曹文君;李运明;陈长生
来源:
中国卫生统计 2009 年 29卷 05期
标签:
基因表达谱 基因集 SAM-GS χ2-Fisher's精确检验 推断
目的 比较竞争性原假设χ~2-Fisher's精确概率法和自限性原假设SAM-GS方法作为基因集分析方法筛选富集基因集的效能,探讨两种方法的筛选效果.方法 采用两种待比较的方法处理5种不同情景下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的评价指标,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果 相同设定条件下,SAM-GS方法的筛选率均高于χ~2-Fisher's精确概率法.但推断结论相差不大,即当两组间均数相差较小(≤0.30)时,两种方法均不能较好地识别组间差异;相反,当两组均数差异足够大(>0.30)时,两种方法均能识别差异.结论 SAM-GS方法略优于χ~2-Fisher's精确概率法,但两种方法均可用于基因表达谱筛选富集基因集的分析.χ~2-Fisher's精确概率法的优点是可用来分析解释变量为多分类变量的数据资料.