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目的 分析急性和慢性特发性血小板减少性紫癜(ITP)患者T细胞的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为儿童ITP的预防及治疗提供依据.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因芯片公共数据库(GEO Database)中下载ITP患儿T细胞基因芯片数据,将数据导入R语言、QOE、Networkanalyst、GCBI及GenClip等分析软件,分析急性组与慢性组的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因.结果 两组患儿的基因表达谱有明显差异;在分析的54 675个基因中,急性组与慢性组之间有457个(0.84%)差异表达基因;前20个差异表达基因蛋白互作网络分析发现两个关键蛋白,分别是下调的JUN蛋白和上调的ITCH蛋白,这两个关键蛋白和肿瘤坏死因子信号通路关系密切;两组间的差异表达基因主要与T细胞免疫耐受及其活化等相关.结论 急性和慢性ITP患儿的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在不同阶段的ITP中发挥调节作用;JUN和ITCH基因对ITP患儿病情进展有一定预测能力,并可能受到肿瘤坏死因子信号通路的调节而发挥生物学作用.

作者:任晓梅;刘启玲;辛宝;张荣强

来源:中国医学科学院学报 2018 年 40卷 2期

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作者:
任晓梅;刘启玲;辛宝;张荣强
来源:
中国医学科学院学报 2018 年 40卷 2期
标签:
特发性血小板减少性紫癜 差异表达基因 转录谱 生物信息学 idiopathic thrombocytopenic purpura differentially expressed genes transcriptional spectra bioinformatics
目的 分析急性和慢性特发性血小板减少性紫癜(ITP)患者T细胞的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为儿童ITP的预防及治疗提供依据.方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因芯片公共数据库(GEO Database)中下载ITP患儿T细胞基因芯片数据,将数据导入R语言、QOE、Networkanalyst、GCBI及GenClip等分析软件,分析急性组与慢性组的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因.结果 两组患儿的基因表达谱有明显差异;在分析的54 675个基因中,急性组与慢性组之间有457个(0.84%)差异表达基因;前20个差异表达基因蛋白互作网络分析发现两个关键蛋白,分别是下调的JUN蛋白和上调的ITCH蛋白,这两个关键蛋白和肿瘤坏死因子信号通路关系密切;两组间的差异表达基因主要与T细胞免疫耐受及其活化等相关.结论 急性和慢性ITP患儿的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在不同阶段的ITP中发挥调节作用;JUN和ITCH基因对ITP患儿病情进展有一定预测能力,并可能受到肿瘤坏死因子信号通路的调节而发挥生物学作用.