目的:探讨子宫内膜癌(EC)患者预后相关差异基因筛选,并构建其预后预测模型。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)中,以"Uteri" "TCGA-UCEC" "transcriptome profiling" "gene expression quantification and HTSeq-FPKM"为关键词,检索EC患者和正常女性受试者的子宫内膜组织RNA-seq微阵列基因表达数据及其相关临床信息。本研究检索时间设定为TCGA数据库建库至2021年1月15日。选择最终符合本研究纳入标准的542例EC患者与35例正常女性受试者为研究对象。本研究基于TCGA数据库的EC差异基因患者的预后预测模型构建步骤为:①利用R语言微阵列数据的线性模型(LIMMA)包,对TCGA数据库的RNA-seq微阵列基因表达数据进行差异基因分析,筛选影响EC发生、发展的候选差异基因。②利用Kaplan-Meier法、LASSO算法回归、单因素Cox比例风险回归分析法,对EC患者生存相关差异基因进行筛选。采用多因素Cox比例风险回归分析法,确定EC患者预后相关差异基因。③构建EC差异基因的EC患者预后预测模型。④利用survival受试者工作特征(ROC)曲线软件包,检测该预测模型的准确性,并绘制列线图。结果:①在本组EC患者中,共计发现466个EC差异基因,其中上调基因为179个,下调基因为287个。②在本组
作者:郝琦蓉;任艺婷;胡晶晶;刘晓阳;刘小春
来源:中华妇幼临床医学杂志(电子版) 2021 年 17卷 2期