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目的:应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)特征差异表达关键基因。方法:GEO数据库中下载NAFLD相关的表达矩阵GSE89632,使用Limma包筛选健康样本、脂肪变性(SS)样本和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)样本差异表达基因(DEGs),WGCNA分析输出模块基因;模块基因与差异基因取交集确定特征差异基因,随后进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。使用在线网站STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI),并筛选关键(Hub)基因。最后使用R软件进行Hub基因的受试者操作特征曲线(ROC)分析。结果:经筛选共获得92个特征差异表达基因,主要富集于 “脂多糖反应和细菌起源分子反应”的炎症反应相关功能,以及“癌症中蛋白聚糖”和“T细胞白血病病毒感染相关”癌症信号通路。10个Hub基因(FOS,CXCL8,SERPINE1,CYR61,THBS1,FOSL1,CCL2,MYC,SOCS3和ATF3)具有较好的诊断价值。结论:通过生物信息学分析获得的10个NAFLD疾病相关特征差异表达Hub基因,可能成为NAFLD的诊断和预后标志物及潜在治疗靶点,有待进一步基础和临床研究验证。

作者:丁洁霞;黄文豹;蒋小仙;张丽旦;方洪;金洁

来源:中华肝脏病杂志 2022 年 30卷 3期

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作者:
丁洁霞;黄文豹;蒋小仙;张丽旦;方洪;金洁
来源:
中华肝脏病杂志 2022 年 30卷 3期
标签:
非酒精性脂肪性肝病 生物信息学 关键基因 诊断标志物 Nonalcoholic fatty liver disease Bioinformatics Hub genes Diagnostic markers
目的:应用生物信息学方法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)特征差异表达关键基因。方法:GEO数据库中下载NAFLD相关的表达矩阵GSE89632,使用Limma包筛选健康样本、脂肪变性(SS)样本和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)样本差异表达基因(DEGs),WGCNA分析输出模块基因;模块基因与差异基因取交集确定特征差异基因,随后进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。使用在线网站STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI),并筛选关键(Hub)基因。最后使用R软件进行Hub基因的受试者操作特征曲线(ROC)分析。结果:经筛选共获得92个特征差异表达基因,主要富集于 “脂多糖反应和细菌起源分子反应”的炎症反应相关功能,以及“癌症中蛋白聚糖”和“T细胞白血病病毒感染相关”癌症信号通路。10个Hub基因(FOS,CXCL8,SERPINE1,CYR61,THBS1,FOSL1,CCL2,MYC,SOCS3和ATF3)具有较好的诊断价值。结论:通过生物信息学分析获得的10个NAFLD疾病相关特征差异表达Hub基因,可能成为NAFLD的诊断和预后标志物及潜在治疗靶点,有待进一步基础和临床研究验证。