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目的:探索人乳头状瘤病毒(human papilloma virus,HPV)阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的差异表达基因及关键通路,为HPV相关HNSCC的诊断和治疗提供候选基因靶点。方法:从美国国立生物技术信息中心(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索获得序号为GSE3292的HPV相关HNSCC表达谱芯片研究系列(其中HPV 阳性癌组织8例、阴性28例,含口腔癌15例、口咽癌9例、喉癌9例、下咽癌3例),通过Gene-Cloud of Biotechnology Information(GCBI)分析平台筛选得到差异表达基因,运用DAVID数据库进行基因本体分析和信号通路富集分析。通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络后,利用Cytoscape软件筛选关键基因并进一步行信号通路富集分析,最后使用UALCAN数据分析工具检验关键基因在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的表达差异性。结果:从芯片检测的25 000多个基因中筛选得到573个差异表达基因,其中上调基因539个,下调基因34个,经Cytoscape两轮筛选确定细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin-dependent kinases 1,CDK1)、增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)、微小染色体维持蛋白(minichromosome maintenance p

作者:王鲲鹏;袁逸杰;朱嘉琪;李博龙;张婷婷

来源:中华口腔医学杂志 2020 年 55卷 8期

知识库介绍

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作者:
王鲲鹏;袁逸杰;朱嘉琪;李博龙;张婷婷
来源:
中华口腔医学杂志 2020 年 55卷 8期
标签:
乳头状瘤病毒感染 头颈部鳞状细胞癌 计算生物学 生物学标记,肿瘤 Papillomavirus infections Squamous cell carcinoma of head and neck Computational biology Biomarkers, tumor
目的:探索人乳头状瘤病毒(human papilloma virus,HPV)阳性和阴性头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)的差异表达基因及关键通路,为HPV相关HNSCC的诊断和治疗提供候选基因靶点。方法:从美国国立生物技术信息中心(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索获得序号为GSE3292的HPV相关HNSCC表达谱芯片研究系列(其中HPV 阳性癌组织8例、阴性28例,含口腔癌15例、口咽癌9例、喉癌9例、下咽癌3例),通过Gene-Cloud of Biotechnology Information(GCBI)分析平台筛选得到差异表达基因,运用DAVID数据库进行基因本体分析和信号通路富集分析。通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络后,利用Cytoscape软件筛选关键基因并进一步行信号通路富集分析,最后使用UALCAN数据分析工具检验关键基因在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的表达差异性。结果:从芯片检测的25 000多个基因中筛选得到573个差异表达基因,其中上调基因539个,下调基因34个,经Cytoscape两轮筛选确定细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin-dependent kinases 1,CDK1)、增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)、微小染色体维持蛋白(minichromosome maintenance p