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目的:筛选消化系统肿瘤患者围术期神经认知障碍(PND)潜在致病基因。方法:采用生物信息学分析方法技术分析肿瘤基因组图谱数据库中食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌和肝癌的基因表达数据,筛选上述疾病样本中肿瘤组织相对于癌旁正常组织的差异表达基因,并通过与人类分泌蛋白组基因比对,获得消化系统肿瘤中表达趋势一致的分泌蛋白组差异基因。通过与GeneCards数据库对比,确定上述差异基因与PND致病的相关性程度;通过PPI网络构建和计算,筛选核心基因;通过GO和KEGG富集分析,明确上述差异基因的功能和所在信号通路。结果:与癌旁组织相比,食管癌组织中2 640个基因表达上调,1 423个基因表达下调;胃癌组织中3 748个基因表达上调,908个基因表达下调;结肠癌组织中2 684个基因表达上调,2 678个基因表达下调;直肠癌组织中2 876个基因表达上调,2 945个基因表达下调;肝癌组织中1 484个基因表达上调,723个基因表达下调;其中,53种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致上调,20种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致下调;20个上调基因和3个下调基因与PND相关。PPI网络分析表明,MMP9等是核心基因;GO和KEGG分析结果提示,差异表达基因主要与受体-配体活性、细胞因子活性和趋化因子活性相关,主要富集于与

作者:裴若萌;师高翔;贺建东;韩冲芳;杨文曲;王志豪;王慧

来源:中华麻醉学杂志 2022 年 42卷 8期

知识库介绍

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作者:
裴若萌;师高翔;贺建东;韩冲芳;杨文曲;王志豪;王慧
来源:
中华麻醉学杂志 2022 年 42卷 8期
标签:
消化系统肿瘤 围手术期 神经认知障碍 基因 Digestive system neoplasms Perioperative period Neurocognitive disorders Genes
目的:筛选消化系统肿瘤患者围术期神经认知障碍(PND)潜在致病基因。方法:采用生物信息学分析方法技术分析肿瘤基因组图谱数据库中食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌和肝癌的基因表达数据,筛选上述疾病样本中肿瘤组织相对于癌旁正常组织的差异表达基因,并通过与人类分泌蛋白组基因比对,获得消化系统肿瘤中表达趋势一致的分泌蛋白组差异基因。通过与GeneCards数据库对比,确定上述差异基因与PND致病的相关性程度;通过PPI网络构建和计算,筛选核心基因;通过GO和KEGG富集分析,明确上述差异基因的功能和所在信号通路。结果:与癌旁组织相比,食管癌组织中2 640个基因表达上调,1 423个基因表达下调;胃癌组织中3 748个基因表达上调,908个基因表达下调;结肠癌组织中2 684个基因表达上调,2 678个基因表达下调;直肠癌组织中2 876个基因表达上调,2 945个基因表达下调;肝癌组织中1 484个基因表达上调,723个基因表达下调;其中,53种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致上调,20种分泌蛋白的编码基因在上述肿瘤中一致下调;20个上调基因和3个下调基因与PND相关。PPI网络分析表明,MMP9等是核心基因;GO和KEGG分析结果提示,差异表达基因主要与受体-配体活性、细胞因子活性和趋化因子活性相关,主要富集于与