目的:结合高通量测序技术和生物信息学技术，从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列，并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019，2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况，从而进行病毒的分型和溯源。方法:选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本，采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件，进行序列拼接和变异位点分析；对病毒进行分型，并构建进化树，追踪病毒的潜在来源。结果:成功获得2019-nCoV的全基因组序列，基因组全长29 808 bp，平均测序深度达5 013.11×；全基因组共发生51处核苷酸突变，分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N)；病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型；进化分析显示，该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论:本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源，对COVID-19疫情防控具有重要意义。
作者：张金波；李祥；孙琦；隋宗言；邵淑丽
来源：中华实验和临床病毒学杂志 2022 年 36卷 2期
