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目的:从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法:采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性,多位点序列分型(MLST)方法对其分型,利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装,并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释,然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列,利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果:UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药,其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列,染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp,鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48

作者:杨东靖;苏旭;吕莉琨;张维;王源;于爱萍;李晓燕

来源:中华微生物学和免疫学杂志 2020 年 40卷 4期

知识库介绍

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作者:
杨东靖;苏旭;吕莉琨;张维;王源;于爱萍;李晓燕
来源:
中华微生物学和免疫学杂志 2020 年 40卷 4期
标签:
尿路致病性大肠埃希菌 多位点序列分型 耐药性 毒力 全基因组 Uropathogenic E. coli MLST Drug resistance Virulence Whole genome
目的:从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法:采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性,多位点序列分型(MLST)方法对其分型,利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装,并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释,然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列,利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果:UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药,其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列,染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp,鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48