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目的:采用基因芯片分析miR-497高表达对结肠癌细胞HCT116基因表达谱的影响。方法利用慢病毒感染人结肠癌细胞株 HCT116,建立 miR-497稳定高表达的结肠癌细胞模型HCT116-497细胞及阴性对照HCT116-CON细胞,用全基因组表达谱芯片筛选差异表达基因,利用MAS 3.0生物信息注释系统进行基因本体(gene ontology,GO)和信号通路富集分析(pathway analysis),筛选炎症相关基因。应用实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对候选基因进行验证。结果筛选出绝对倍数变化(absolute fold change)3.0倍以上的下调基因582个,发现其主要富集于炎症相关细胞因子网络等信号通路。选取下调基因中参与细胞因子网络和MAPK信号通路的15个炎症相关基因进行PCR验证后显示,与 HCT116-CON 细胞相比,HCT116-497细胞中10个基因(CACNB1、FOS、IL-29、RPS6KA2、TNFSF15、IL-11、INHBC、CSF1R、JAK3和IL-2Rβ)表达水平降低,差异均有统计学意义(均P<0.05),与芯片结果一致。结论 miR-497抑制结肠癌细胞HCT116中炎症相关基因mRNA的表达。

作者:王娟娟;杨瑞红;王福花;郭向云;李晓宇;梁书丰;郭素堂

来源:肿瘤研究与临床 2017 年 29卷 1期

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作者:
王娟娟;杨瑞红;王福花;郭向云;李晓宇;梁书丰;郭素堂
来源:
肿瘤研究与临床 2017 年 29卷 1期
标签:
miR-497 结肠肿瘤 炎症相关基因 基因本体 信号通路富集分析 MiR-497 Colonic neoplasms Inflammation-related genes Gene ontology Pathway analysis
目的:采用基因芯片分析miR-497高表达对结肠癌细胞HCT116基因表达谱的影响。方法利用慢病毒感染人结肠癌细胞株 HCT116,建立 miR-497稳定高表达的结肠癌细胞模型HCT116-497细胞及阴性对照HCT116-CON细胞,用全基因组表达谱芯片筛选差异表达基因,利用MAS 3.0生物信息注释系统进行基因本体(gene ontology,GO)和信号通路富集分析(pathway analysis),筛选炎症相关基因。应用实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对候选基因进行验证。结果筛选出绝对倍数变化(absolute fold change)3.0倍以上的下调基因582个,发现其主要富集于炎症相关细胞因子网络等信号通路。选取下调基因中参与细胞因子网络和MAPK信号通路的15个炎症相关基因进行PCR验证后显示,与 HCT116-CON 细胞相比,HCT116-497细胞中10个基因(CACNB1、FOS、IL-29、RPS6KA2、TNFSF15、IL-11、INHBC、CSF1R、JAK3和IL-2Rβ)表达水平降低,差异均有统计学意义(均P<0.05),与芯片结果一致。结论 miR-497抑制结肠癌细胞HCT116中炎症相关基因mRNA的表达。