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目的 筛选甲状腺癌(thyroid cancer,THCA)的关键预后基因并构建预后预测模型.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取THCA和正常样本的基因表达谱,采用Limma算法筛选THCA组织与正常组织间差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),再进行权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和套索联合 COX 回归分析(least absolute shrinkage and selection operator regression COX analysis,LASSO-COX)获得与其预后相关基因,然后根据关键基因构建预后预测模型,基于风险评分进行生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析,最后基于基因表达谱和风险评分进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以评估相关途径和分子机制.结果 本研究筛选出 5 个THCA预后关键基因,即LINC02550、STEAP2、ATP2C2、PLEKHG4B和SALL4.通过这 5 个基因构建的预后评估模型表明,风险评分越高,预后越差.ROC 曲线分析结果表明该模型对患者生存率具有优良的预测性能,结合 THCA 患者的主要临床特性建立的列线图具有良好的预测性能.GSEA 分析发现 mTOR 信号通路、Hedgehog 信号通路、细胞自噬调节、转化生长因子-β信号

作者:张澍漾;郭松雪;项承;支飞虎;谢立江;赵萍

来源:中国现代医生 2023 年 61卷 32期

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作者:
张澍漾;郭松雪;项承;支飞虎;谢立江;赵萍
来源:
中国现代医生 2023 年 61卷 32期
标签:
甲状腺癌 基因集富集分析 权重基因共表达网络分析 套索联合COX回归分析 Thyroid cancer Gene set enrichment analysis Weighted gene co-expression network analysis Least absolute shrinkage and selection operator regression COX analysis
目的 筛选甲状腺癌(thyroid cancer,THCA)的关键预后基因并构建预后预测模型.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取THCA和正常样本的基因表达谱,采用Limma算法筛选THCA组织与正常组织间差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),再进行权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和套索联合 COX 回归分析(least absolute shrinkage and selection operator regression COX analysis,LASSO-COX)获得与其预后相关基因,然后根据关键基因构建预后预测模型,基于风险评分进行生存分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析,最后基于基因表达谱和风险评分进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以评估相关途径和分子机制.结果 本研究筛选出 5 个THCA预后关键基因,即LINC02550、STEAP2、ATP2C2、PLEKHG4B和SALL4.通过这 5 个基因构建的预后评估模型表明,风险评分越高,预后越差.ROC 曲线分析结果表明该模型对患者生存率具有优良的预测性能,结合 THCA 患者的主要临床特性建立的列线图具有良好的预测性能.GSEA 分析发现 mTOR 信号通路、Hedgehog 信号通路、细胞自噬调节、转化生长因子-β信号