目的:旨在基于TCGA数据库构建宫颈鳞状细胞癌(CSCC)放疗抵抗竞争性内源性RNA(ceRNA)网络,鉴定潜在的预测放疗疗效生物标志物及探讨放疗抵抗的机制.方法:依据纳入研究标准在TCGA数据库的宫颈癌数据集中筛选出23个CSCC放疗抵抗与67个放疗敏感样本的RNA表达谱数据,运行R"edger"包鉴定差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,基于miRcode、TargetScan和miRTarBase数据库构建ceRNA网络并通过Cytoscape软件可视化.进一步结合KEGG、GO及生存分析等生物信息学方法筛选出关键分子.结果:设定阈值为|log2差异倍数(FC)|>1.5且FDR<0.05,共鉴定出237个DElncRNAs,16个DEmiRNAs和565个DEmRNAs,其中17个DElncRNAs、3个DEmiRNAs和15个DEm-RNAs参与构建ceRNA网络.DEmRNAs富集到3个GO术语和8个KEGG途径(P<0.05).5个DElncRNAs在不同临床病理特征中有显著差异(|log2FC|>2且FDR<0.05).结论:成功构建CSCC放疗抵抗特异性lncRNA相关的ceRNA网络,鉴定了预测CSCC放疗疗效分子标志物,为理解CSCC产生放疗抵抗的机制提供理论依据.
作者：吴南昌；陈昌贤；陶珊；李世婷；任遥瑶；宋红林
来源：广西医科大学学报 2020 年 37卷 1期
