目的 采用生物信息学工具分析人类miR-425(has-miR-425)的转录调控、靶基因功能和蛋白-蛋白互作,为研究其在细胞调控过程中的作用提供理论依据.方法 应用miRBase、UCSC Genome Browser等数据库,分析has-miR-425在不同物种的序列情况,以及在基因组上下游10kb以内的CpG岛分布情况、转录起始位置(TSS)、转录因子结合位置(TFBS)等;选择TargetScan、PicTar、MiRanda三种计算方法预测has-miR-425的靶基因,取三个预测结果 的交集靶基因分别进行注释描述和富集分析.采用STRING软件对交集靶基因进行蛋白与蛋白互作网络分析.结果 has-miR-425序列在人、大鼠、猕猴、黑猩猩之间呈现高度保守性;has-miR-425可能具有独立的启动子.共预测到319个潜在的靶基因,这些靶基因主要参与蛋白去磷酸化、细胞氮化合物反应、氮化合物反应等生物学过程;主要分子功能为酶结合、转移酶活性、金属离子结合等;主要细胞组成为:膜结合细胞器、细胞内膜有界细胞器、细胞核等.蛋白-蛋白互作分析显示靶基因中PAFAH1B1与DYNC1I2、MAP2K6与ZAK之间的关联度最高.结论 通过对has-miR-425转录调控元件、靶基因的分析,为has-miR-425在细胞调控中的功能与调控机制提供了重要的理论依据.
作者：许宇彪；杨建荣；李碧锦；何二松；林昌荣；莫凯迪
来源：河北医药 2017 年 39卷 7期
