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目的 利用生物信息学分析亚急性皮肤型狼疮(SCLE)的差异表达基因(DEGs)、关键信号通路及免疫细胞浸润情况,为SCLE的认识、药物开发等提供新思路.方法 筛选GSE81071和GSE109248中SCLE和正常对照(NC)皮肤活检组织DEGs,对其进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及关键分子筛选识别核心基因,利用CIBER-SORT分析22种免疫细胞浸润.结果 筛选出34个DEGs,生物学过程主要集中在对病毒的防御反应、Ⅰ型干扰素信号通路等.分子功能主要包括双链RNA结合、腺苷酸转移酶活性、CXCR趋化因子受体结合等.PPI网络分析筛选出前3个核心基因:CXCL10、DDX58和RSAD2.与NC组相比,SCLE组CD4+活化记忆T淋巴细胞比例明显升高(P=0.007),而Tregs比例明显降低(P=0.001).结论 CXCL10、DDX58和RSAD2可能是预测SCLE的生物学标志物及潜在的治疗靶点.

作者:付荣;林泽英

来源:重庆医学 2022 年 51卷 12期

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作者:
付荣;林泽英
来源:
重庆医学 2022 年 51卷 12期
标签:
亚急性皮肤型红斑狼疮 活体组织检查 免疫细胞浸润 生物信息学
目的 利用生物信息学分析亚急性皮肤型狼疮(SCLE)的差异表达基因(DEGs)、关键信号通路及免疫细胞浸润情况,为SCLE的认识、药物开发等提供新思路.方法 筛选GSE81071和GSE109248中SCLE和正常对照(NC)皮肤活检组织DEGs,对其进行基因本体论(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及关键分子筛选识别核心基因,利用CIBER-SORT分析22种免疫细胞浸润.结果 筛选出34个DEGs,生物学过程主要集中在对病毒的防御反应、Ⅰ型干扰素信号通路等.分子功能主要包括双链RNA结合、腺苷酸转移酶活性、CXCR趋化因子受体结合等.PPI网络分析筛选出前3个核心基因:CXCL10、DDX58和RSAD2.与NC组相比,SCLE组CD4+活化记忆T淋巴细胞比例明显升高(P=0.007),而Tregs比例明显降低(P=0.001).结论 CXCL10、DDX58和RSAD2可能是预测SCLE的生物学标志物及潜在的治疗靶点.