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目的 通过筛选分析3T3-L1前体脂肪细胞中KCTD 15基因敲低后的差异表达基因研究其细胞生物学功能,探讨KCTD15基因与肥胖发生的关联.方法 ①运用RNA干扰技术在3T3-L1前体脂肪细胞中特异性敲低KCTD15基因表达,并用半定量RT-PCR技术检测KCTD15基因敲低效率.②用Illumina表达谱芯片检测基因表达.③筛选差异表达基因后,运用Gene Ontology(GO)和KEGG pathway进行功能聚类分析.④挑选部分差异表达基因进行半定量RT-PCR验证.结果 ①KCTD15基因敲低后筛选到833个差异表达基因(差异倍数值≥2或≤0.5).②GO功能分析显示差异表达基因主要富集在以下相关通路:细胞黏附(34个)、细胞骨架组装(26个)、生物膜组装(26个)、染色体组装(20个)、脂肪细胞分化(6个);KEGG pathway分析则显示半乳糖代谢和二羧酸代谢受到影响.③对MTHFD1、MDH1、VSP4B、CUX1、ABCA75个基因表达的半定量RT-PCR与芯片测试结果相符.结论 KCTD15基因功能与生物膜和细胞骨架有关且能够影响细胞能量代谢过程.

作者:张鹏;金康宣;陈宇晟;徐梓辉

来源:第三军医大学学报 2014 年 36卷 9期

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作者:
张鹏;金康宣;陈宇晟;徐梓辉
来源:
第三军医大学学报 2014 年 36卷 9期
标签:
KCTD15基因 3T3-L1前体脂肪细胞 基因芯片 肥胖 KCTD15 gene 3T3-L1 preadipocytes expression profile chip obesity
目的 通过筛选分析3T3-L1前体脂肪细胞中KCTD 15基因敲低后的差异表达基因研究其细胞生物学功能,探讨KCTD15基因与肥胖发生的关联.方法 ①运用RNA干扰技术在3T3-L1前体脂肪细胞中特异性敲低KCTD15基因表达,并用半定量RT-PCR技术检测KCTD15基因敲低效率.②用Illumina表达谱芯片检测基因表达.③筛选差异表达基因后,运用Gene Ontology(GO)和KEGG pathway进行功能聚类分析.④挑选部分差异表达基因进行半定量RT-PCR验证.结果 ①KCTD15基因敲低后筛选到833个差异表达基因(差异倍数值≥2或≤0.5).②GO功能分析显示差异表达基因主要富集在以下相关通路:细胞黏附(34个)、细胞骨架组装(26个)、生物膜组装(26个)、染色体组装(20个)、脂肪细胞分化(6个);KEGG pathway分析则显示半乳糖代谢和二羧酸代谢受到影响.③对MTHFD1、MDH1、VSP4B、CUX1、ABCA75个基因表达的半定量RT-PCR与芯片测试结果相符.结论 KCTD15基因功能与生物膜和细胞骨架有关且能够影响细胞能量代谢过程.